Akupunktura in sistem meridianov imata dolgo zgodovino, ki sega več kot 2500 let v preteklost. Akupunktura je ena najstarejših praks tradicionalne kitajske medicine skupaj z moksibustijo, ki je toplotna terapija in prav tako vpliva tudi na Qi.
Čeprav ni jasno, ali akupunktura izvira iz Kitajske, je njena praksa dobro dokumentirana. Najstarejše starodavno besedilo, ki se sklicuje na akupunkturo, sega v leto 100 pred našim štetjem, druga besedila pa v obdobje 600-500 pred našim štetjem in sicer so zapisane referenčne akupunkturne točke brez postopkov. Arheologi so v starih grobnicah našli artefakte zlate in srebrne igle za akupunkturo. Igle in omenjena besedila so prva dokumentacija takrat že uveljavljene prakse.
Kljub temu obstaja nekaj sporov glede akupunkture pri datiranju. Starodavna mumija, imenovana Ötzi Ledeni mož, je bila najdena v Ötzalskih Alpah, mumija pa sega v bronasto dobo, v leto okoli 3.300 pred našim štetjem. Ta mumija ima po telesu tetovaže, ki ustrezajo točkam meridiana na spodnjem delu hrbta. Nekateri arheologi menijo, da je to dokaz akupunkturne prakse. Toda brez dodatne dokumentacije tega ne moremo zagotovo vedeti.
Obstajajo celo teorije, ki kažejo, da shiatsu, neinvazivna oblika akupunkture, sega v obdobje neolitika. Toda brez dodatnih besedil o tem lahko le teoretiziramo. Ne glede na to je bila v 4. stoletju našega štetja večina sodobnih akupunkturnih točk identificirana in dokumentirana. Vladajoči sloj srednjeveške kitajske družbe je uporabljal akupunkturo. Cesarji mnogih dinastij so celo zadrževali akupunkturiste pri sebi.
Srednjeveške kitajske medicinske fakultete so celo poučevale in izvajale tečaje akupunkture in sistema meridianov. V času dinastije Ming je “Veliki zbornik akupunkture in moksibustije” vzpostavil večino akupunkturnih praks, ki se uporabljajo še danes.
Okoli 13. stoletja pa je akupunktura začela izgubljati. Začeli so jo povezovati z mistiko in obravnavati kot manj legitimno prakso. Za sodobno znanstveno medicino je akupunktura na Kitajskem postala znana kot izgubljena umetnost. Približno v tem času se je akupunktura začela uporabljati v Evropi. Kljub temu je zahodna medicina na akupunkturo gledala dokaj sumničavo. Osredotočenost na energetske in simbolne sisteme se je zdela preveč vraževerna. Do sredine 19. stoletja se je zanimanje Zahoda za akupunkturo precej zmanjšalo.
Šele sredi 20. stoletja se je akupunktura vrnila. Mao Zedong je podprl akupunkturo, ki je združila komunistično Kitajsko zaradi skupne kulturne zgodovine. Do petdesetih let prejšnjega stoletja so kitajske bolnišnice že uporabljale akupunkturo. Sodobne raziskave so akupunkturo začele preučevati tudi z racionalnega, znanstvenega stališča. Leta 1997 so Nacionalni inštituti za zdravje priporočili akupunkturo kot dopolnilno zdravljenje. Od takrat je akupunktura postala najbolj priljubljena alternativna medicina v ZDA.
